腦部核磁共振沒有電離輻射，對人體沒有放射性的損害。其中腦部核磁共振是利用人體內氫質子，在磁場中產生共振信號來獲得的圖像。腦部的核磁共振對顱內的檢查能夠更精確，同時腦部核磁檢查不會出現顱骨的偽影，也不需要造影劑，就能夠清楚的顯示頭部冠狀位、矢狀位等圖像。

寶寶做腦部核磁共振對寶寶的腦部發育是有影響的。磁共振有射線，對身體有一定的傷害，但如果只是偶爾一次也沒什么，應該先到兒科就診，根據醫生對孩子的全面檢查決定是否需要做此項檢查。

核磁共振是通過核磁共振來檢測人體的內臟，不會產生輻射，所以不會對人和大腦造成危害，甚至連嬰兒都不會造成危害。核磁共振的時候，身體要保持平穩，正常的掃描要20分鐘，如果要做X光或者做血管造影，則要花費更多的時間，所以，寶寶只能在睡覺的時候做，或者是在睡覺的情況下使用鎮定劑，這樣才能讓手術成功，影像清晰，結果也更加可信。

在早產兒出生后和兩歲時對他們進行核磁共振，可以了解嬰兒腦白質狀況。科學家通過核磁共振技術，定期掃描嬰兒腦部的圖像，并且將這些圖像進行對比。就能發現早產兒是否有腦白質的損傷，如果沒有就能確定嬰兒的大腦發育基本正常，而如果腦白質發生了損傷，那么早產兒腦很可能會出現腦癱、認知延遲以及視覺或聽覺障礙等腦部疾病。

腦部核磁共振不能查腦供血不足，可以通過腦部核磁共振觀察顱內血管走形及各級分支，觀察血管有無畸形，有無狹窄，閉塞等。腦供血不足，需做個腦血管造影才能明確的。

嬰兒進行核磁共振通常是沒有明顯危害的，可以在醫生指導下正常進行，無需特別處理。
對于嬰幼兒來說，核磁共振是一種非常安全的檢查方法，是一種使用高場強磁場進行檢測的儀器，通常不會對人體造成任何的傷害，在臨床上是一種常用的檢查方法。但是磁共振檢查耗時較久，噪聲較大，嬰兒可能不能配合檢查，要先進行鎮靜。需要注意的是，當通過磁共振發現幼兒患有某些疾病的時候，最好是可以盡快的進行治療，并且在選擇藥物的時候也應該要慎重。