嬰兒肺炎的遺癥主要是肺不張或者肺氣腫、心功能下降、營養不良等。
如果嬰兒的肺部炎癥沒有得到及時的控制，會造成由于痰液堵塞在肺泡中而形成肺不張；以及肺泡的融合以及張力過大而形成肺氣腫。肺炎合并有心肌炎，造成心功能的下降。此外肺炎的病程比較長，病情比較重的情況下，會影響消化吸收以及消耗營養過多，從而造成營養不良。
大多數肺炎是不會留后遺癥的，只有重癥肺炎、間質性肺炎，可能會留下鈣化點或者是纖維化，會有一段時間的咳嗽、吐痰的癥狀。如果發現肺炎以后，應及時應用抗感染的藥物進行治療，痰液較多時，要應用止咳化痰的藥物。
出現肺炎，只要進行積極治療，少數的病人才會出現后遺癥的情況，一般都不會出現明顯的后遺癥。如果肺炎特別嚴重，沒有得到積極治療，很有可能會導致后遺癥出現。肺中會殘留纖維的鈣化灶或者纖維灶，對于肺功能會有一定的影響，比如會出現憋喘癥狀，病人很容易因為缺氧出現頭疼、頭暈的癥狀。
肺炎的后遺癥是不同程度的咳痰和咳嗽，肺炎一般是由細菌感染而導致的疾病，最常見的細菌是肺炎鏈球菌和肺炎克雷伯桿菌，肺炎不會產生肺泡病變，不會留下明顯的后遺癥，只有少量的致病菌會導致肺部化膿性和空洞改變，形成肺炎后遺癥，患者會表現為咳痰和咳嗽的癥狀，可以使用中藥治療，同時要提高身體免疫力，飲食注意清淡，不要吃過甜或過咸的食物。
肺炎的后遺癥包括會出現肺功能異常、呼吸道異常等癥狀，具體如下：
1、肺功能異常：在患病時如未得到及時治療，則可導致疾病發展為重癥肺炎，從而導致留下鈣化灶或是纖維灶等情況。或是引起肺不張、肺纖維化等問題，致使肺功能下降。就可使得患者表現出胸悶、氣短、咳嗽等不適癥狀。
2、呼吸道異常：治療期間如果沒有按時定量使用藥物治療，則可導致病程遷延不愈，發展為慢性肺炎，從而可出現慢性咳嗽、咳痰等呼吸道癥狀。