對于腦干腦炎的患者，要先確定病因，其次要找到病因，比如病毒腦炎，霉菌性腦炎，細菌性腦炎，寄生蟲性腦炎，免疫系統腦炎等。
要做好顱內核磁共振和腦脊液的病理檢查和細胞學檢測，明確病因，采取降顱壓、抗感染、激素、免疫抑制劑等藥物進行治療，對于腦干腦炎要進行及時的處理，以免導致呼吸、心臟停止、各種并發癥的發生。
腦炎主要表現為：高燒、頭疼、身體疼痛、惡心、嘔吐，甚至會有暈眩、抽搐等。對腦炎的治療應采取對癥下藥，如果病人有高熱，可以通過物理降溫和退燒來進行緩解，如果病人有暈厥癥狀，可以服用一些止吐的藥物，如果病人處于昏迷狀態，要保持呼吸道暢通，以免窒息。
除對癥治療之外，還需要根據病因進行治療，比如細菌性感染，可以用抗生素進行藥物治療，病毒性感染引起的腦炎要進行抗病毒治療，結核性的腦炎要用抗結核藥物。除了用藥之外，還要多吃一些易消化的食物，避免出現惡心的情況。
腦炎可以配合吃一些藥物進行治療，也可以采用中藥的方法，中藥比較溫和，但是在治療的同時，也要在生活中養成良好的習慣，注意保暖，尤其是自己的生活一定要注意休息，不要熬夜，保持充足的睡眠，吃一些營養物質比較高的食物有利于身體的恢復。
可以選用一些抗病毒，降顱內壓的藥物來進行治療。腦膜炎的治療原則是早期給藥、合理選藥、聯合用藥及系統治療。腦炎一旦發作起來，常常會出現頭痛、頭響、精神萎靡、發燒、嘔吐等癥狀。
腦炎用激素、抗炎藥、抗生素、蛋白治療可在短時間內恢復。您所指的腦炎的恢復可能是腦炎后受影響的神經無法恢復。恢復腦炎和恢復神經功能是兩回事。炎癥的恢復并不意味著神經可以恢復。