腦干梗塞是最嚴重的腦梗塞，嚴重時會有生命危險。在急性期行溶栓，抗凝，抗血小板聚集，降顱壓，減輕腦水腫，擴張血管，改善微循環，營養腦細胞，吸氧，維持生命體征。昏迷患者要做好呼吸道清潔、吸痰、做好護理、經常翻身拍背、做被動的肢體活動，預防肺部感染、下肢血栓形成、褥瘡等并發癥。在病情穩定后，要積極進行康復訓練，以促進其各項功能的恢復。在日常生活中要注意控制腦梗塞的危險因素，避免再次發生。
腦干急性腦梗塞可以通過以下方式進行治療：
腦干急性梗死，通常會有較重的表現。大動脈阻塞會造成梗阻，造成患者的生命危險，因此必須要進行有效的處理。在早期，達到了溶栓指征，可以采用阿替普酶進行溶栓，使其重新開放。也可以通過做腦血管造影來明確腦血管的狹窄位置，通過血管內介入治療，或是通過外科手術來減輕癥狀。可以口服阿托伐他汀和阿斯匹林腸溶片。
主要應用血栓通等活血藥，配合阿司匹林等抗血栓藥物，配合針灸理療及康復鍛煉。高血壓應積極治療腦梗塞，尤其是有腔隙性梗塞史者，需防止復發，注意壓力不宜過快或過低。急性期原則是盡快改善腦缺血區血液循環，促進神經功能恢復。
一般情況下，腦梗塞昏厥可以應用醒腦靜、復方麝香和清開靈注射液，同時給予神經保護治療，常用的藥物有胞二磷膽堿、腦蛋白水解物、奧拉西坦和吡拉西坦。
腦梗塞昏厥與大腦的血液供應不足有關，而意識障礙則與新發的急性腦梗死有關，說明腦細胞受損的程度較高。因此，要做好顱內核磁共振和腦部造影術，才能判斷出腦梗的嚴重性。
小腦梗塞可以通過藥物治療、手術治療等方式治療。
小腦梗塞是指小腦局部供血障礙，導致腦組織缺血缺氧，進而導致腦組織不可逆的損傷，主要有頭暈，惡心嘔吐等癥狀。患者可以遵醫囑使用辛伐他汀、瑞舒伐他汀等藥物進行治療，如果梗塞明顯加重，壓迫腦干，此時需考慮手術干預。患者應該注意規律作息，避免熬夜，注意休息，保持清淡飲食。
