小兒腦炎初期主要表現為發燒、惡心、嘔吐、拉肚子、食欲不振、啼哭等。
小兒腦炎，因小兒年齡尚輕，不能充分的表現自身的不舒服，有延誤病情，治療或診斷不及時。小兒腦炎要密切關注孩子的精神狀態，一旦出現不正常要馬上到正規的醫療機構進行檢查。通過對兒童的臨床表現和體征進行相應的輔助檢測，及早發現和處理，以防止兒童的神經后遺癥。
腦炎初期癥狀多以高熱、頭痛、軀體疼痛、嘔吐、昏迷、暈厥等為主。
隨著病情加重出現意識障礙或抽搐等并發癥時，會有不同程度的發熱以及其他相關癥狀。因此，若伴隨上述病癥，那建議還是該檢查下血常規了，如白細胞不正常，可口服部分退燒藥或抗病毒藥物，有助于緩解及治療，同時，提出要重視合理膳食，確保有充足的熱量，添加一些蛋白質、維生素等食品。
腦炎最主要的早期癥狀是發熱，老百姓都知道燒出來腦炎了，其實不是這樣的，熱是腦炎最早期的癥狀，尤其是頑固性的高熱，進一步是高熱伴隨了腦功能的異常，如抽風、癲癇急性發作或者昏迷、顱內壓增高、前囟鼓的比較高。
結核性腦膜炎的早期表現是兒童精神狀態的變化，如煩躁和哭泣;精神停滯;不喜歡游戲;也可能有低燒，食欲不振，嘔吐，睡眠不安，減肥表現。由化膿性細菌引起的腦膜炎癥，發熱，頭痛，嘔吐和煩躁等癥狀是主要表現。神經系統檢查和腦脊液檢查異常。由于孩子的抵抗力較弱，血腦屏障的發育并不完美，細菌很容易進入大腦的神經系統。
小兒腦炎多見于病毒性腦炎。病毒性腦炎是一種由各種病毒導致的顱內急性炎癥，這種炎癥主要累及大腦實質，一般都是病程自限性的。兒童腦炎發病迅速，其臨床表現與腦實質的病變部位、范圍、嚴重程度有關，以發燒、反復抽搐發作、意識障礙、顱內壓升高等為主要特征。當大腦損傷以額葉底部為主時，兒童的顳葉邊緣系統多以精神和情感障礙為主。