發病原因是原受累神經得不到良好的血供應。病毒和炎癥再度損傷神經而繼發的變性病變早期，現病的治療比原發性神經損傷治療難度更大，延誤治療有可能導致不完全性截癱。所以及早治療比較好。

蛛網膜血管高度擴張充血。蛛網膜下腔增寬，其中有大量中性粒細胞及纖維蛋白滲出和少量單核細胞，淋巴細胞浸潤，用革蘭染色，在細胞內外均可找到致病菌，腦膜及腦室附近腦組織小血管周圍可見少量中性粒細胞浸潤，從而引起腦膜炎后遺癥。

引起腦膜炎的病因很多，多見于病毒感染、結核菌感染等所致，病毒性腦膜炎多繼發于上呼吸道感染，傳染性較小，在平時也應該注意一下飲食，飲食上面應該禁食味精，少食飲料等類食品。

其他疾病：能夠引起腦損傷這樣嚴重疾病出現的病因也是會引起腦炎后遺癥疾病的出現的，病發的概率是不分上下的但也有病例在疾病治愈后繼續發生。癲癇發作是否能停止取決于疾病的類型、受影響的腦組織的位置以及腦損傷的程度。

和病毒的分類有關系。病毒性腦炎的預后與病變的程度和病情的嚴重程度有關。腦部病變更加有限，不會侵入生命中心。當病情輕微時，預后通常很好。如果昏迷持續很長時間，或者經常出現抽搐，大腦就會缺氧，病情加重，預后很差，很容易留下神經和精神后遺癥。

腦炎后遺癥常見的癥狀是精神遲鈍，抽搐，大腦癱瘓，小腦畸形，智力低下，運動障礙，腦積水等。神經異常的表現多有發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、昏迷、驚厥等，重者則大腦、丘腦下部、底節、腦干、小腦和脊髓的癥狀都可能有異常表現。