病毒性腦膜炎經過正規治療，大部分人可以恢復正常，少部分留有后遺癥。運動方面的落后或不協調。智力方面有不同程度的反應遲鈍。另外大腦皮層神經原的異常放電。癲癇。要好轉應給以抗病毒治療。營養腦細胞的藥物。吸氧。多吃新鮮水果和蔬菜，補充各種微量元素。

疾病發現早、病情較輕者，預后較好，不遺留任何后遺癥，恢復后與正常人無異；病毒毒力強、治療不及時者，可出現嚴重后遺癥，甚至威脅生命；病毒侵蝕顱腦部位的不同，后遺癥狀也不同，常表現為失語、肢體功能缺損、癱瘓、智能障礙、癡呆等。

有病毒性腦膜炎的嚴重后遺癥失語、吞咽困難，癲癇等神經系統的損害，注意力不集中、健忘，興奮不安、記憶力減退，表情淡漠，智力低下，多汗、流涎等。對于病毒性腦炎留下的后遺癥，需積極的康復治療。

大多數病毒性腦膜炎可以治，沒有后遺癥。病毒性腦膜炎是指病毒侵入軟腦膜，癥狀相對較輕，臨床表現與普通感冒相似。可能有發燒、頭痛、惡心、疲勞、頸部僵硬等癥狀。有些不用治療就能康復，一般不會留下后遺癥。臨床診斷不能僅憑的身體體征來判斷。可能有輕微的癥狀，但是腦實質中已經出現了病變，可能會有后遺癥。

大多數病毒性腦膜炎患者不留有后遺癥，可以痊愈，部分患者不經過治療，可以自行痊愈，不留有后遺癥。臨床診斷不能僅憑患者體征做判斷，部分患者可能癥狀較輕，但腦實質已經出現病灶，患者可能會留有后遺癥。

腦膜炎后遺癥的癥狀嚴重程度各不相同，主要表現為神經精神異常。神經異常的表現包括發燒、頭痛、嘔吐、嗜睡、昏迷和抽搐。嚴重者，腦、下丘腦、基底節、腦干、小腦、脊髓可能有異常表現。精神障礙的特征是興奮、易怒、不規律的笑和哭、失眠、異常行為、幻覺、幻想或對表達漠不關心、沉默、活動減少、不進食、定向不良、記憶力喪失、尿失禁和大便失禁。