腦干出血恢復期的長短與腦干出血的數量和影響的程度有關，一般在3個月至6個月之間，還可能會留下比較明顯的后遺癥。因為腦干是中樞神經系統中最重要的器官，它涉及到人體的很多重要功能，特別是呼吸循環，所以腦干出血一般都會出現不同程度的昏迷，大部分患者會在兩個星期內因為并發癥而死亡。極少數患者在接受全面的治療后，可以活下來，但是他們的身體會出現麻痹、肌肉緊張、生活質量降低、甚至是植物人的情況，需要長期的康復，可以通過高壓氧、針灸、理療、脊髓電刺激等方法來緩解。
腦干出血雖然不能完全恢復，但可以通過康復療法來恢復。首先，腦干出血是一種非常危險的腦血管疾病，通常3mL的腦干出血會引起嚴重的腦功能損害，從而引起不可逆的神經功能障礙。如果腦干出血超過5mL，病人就會昏迷，有生命危險。其次，腦干出血，病人有可能從偏癱發展到肢體麻痹，這種情況會對腦干出血的病人造成一定的影響。
腦干出血康復的方法主要有高壓氧、中醫針灸理療、語言功能訓練、肢體功能康復鍛煉、藥物治療、神經電刺激等方法。因為腦干出血屬于神經系統受損，神經細胞具有不可再生性，神經細胞黃金康復期為出血后半年之內。因此，一定要抓住黃金康復期這一時間段，盡早介入康復治療。
盡量選擇比較安靜，陽光充裕的環境，同時可以給患者適當的使用軟化大便的藥物，以幫助順利排便，有明顯的精神癥狀，可以考慮使用一些抗焦慮，抗抑郁的藥物來進行治療。
腦干出血的康復治療，可以坐在凳子和椅子上，在家屬的幫助下做抬腿、伸腿和物體支撐站立，身體左右移動，蹲下等活動，運動時，應刻意使患肢負重，但應注意活動量應逐漸增加，時間不宜過度疲勞。
