腦干和小腦栓塞考慮為心源性栓子引起的可能性大，如果發病六小時內送至醫院，完善頭顱血管檢查，確定為基底動脈閉塞，經評估后可以心血管介入手術，但是存在再灌注損傷出血的風險。如果錯過了手術的時間窗，就只能通過口服和靜脈用藥，抑制顱高壓和腦疝的發生，同時防止病情進一步惡化。
腦栓塞是腦動脈主干或皮質支動脈粥樣硬化導致血管增厚，管腔狹窄閉塞和血栓形成，出現局灶性神經系統癥狀體征，而腦栓塞應該及早及時的治療，這對于降低死亡率，減輕后遺癥。血液中的血小板、膽固醇、纖維蛋白等物質，便在血管壁上沉淀下來，慢慢的沉淀物越積越多，如果再合并有高血壓、動脈硬化等疾病，就會導致腦血栓形成了，其實輕微的腦血栓，只要積極地去治療就會慢慢痊愈了，但是一定要積極的去治療。
一般情況下，房顫患者心房收縮功能喪失，出現快速顫動的情況。這種快速的顫動，通常會導致心房內的血液流速變慢，使得左心房內的左心耳可能會形成血栓。一方面是因為左心耳是盲端組織，血流速度比較慢，另一方面是因為左心耳里面有很多梳狀肌，這些都會增加血栓形成的幾率。如果血栓脫落，這些栓子就會隨著血液循環到達身體的各個部位。最常見的就是腦部，造成腦栓塞。
腦梗塞能否治好，取決于治療是否及時。如果病人在腦梗塞后三個小時內接受溶栓治療，部分病人可完全恢復，且不留后遺癥。如果腦梗塞錯過治療的時間，腦梗死中心的壞死區域是不能夠恢復的，但是通過后續的內科治療可以改善循環，配合康復治療，使缺血區域有所改善。
對病因治療，還是比較重要的，要查明栓子的來源，要進行及早的治療，尤其是要針對栓塞的病因來進行治療，這樣就可以治愈。應臥床休息，保持呼吸道的通暢和心臟功能；注意營養狀況，保持水和電解質的平衡；加強護理，防止肺炎、泌尿系感染和褥瘡的發生。腦栓塞本身的治療原則是要改善腦循環、防止再栓塞、消除腦水腫、保護腦功能。抗凝及溶栓治療，抗凝治療禁忌及非心源性栓塞者最好不要抗凝治療，可采用抗血小板治療。