中醫的治療效果是很好的，積極進行抗病毒治療，加強對癥與支持治療，防治并發癥，這樣綜合性的治療才有可能改善病情的。后期則主要是以康復治療為主，減輕后遺癥的影響。
中醫也是可以看腦炎后遺癥的，尤以神經和運動為重，到醫院康復科進行相關的康復治療，方法有一般是理療、針灸、按摩、引導式教育等，一旦發現后要及時的治療，以免耽誤病情。
腦炎后遺癥里面最常見的癲癇、語言或者運動功能障礙。有的孩子癲癇的情況非常嚴重，甚至都需要激素治療。建議根據病人的反應情況使用調節神經功能的藥物治療控制，必要時進行針灸理療按摩。
中醫也是可以治療的，中醫認為腦炎后遺癥患者出現頭暈頭痛，胸悶久伸為風痰上逆，重者發病時手足冰冷，兩目上視，中醫講究辨證施治，所以要去正規中醫接受看診，經過醫生診斷才能開藥治療。
病毒性腦炎后遺癥主要表現有：語言表達能力下降嚴重者不能說話、視神經不正常、耳朵聽不到外界聲音、癲癇等神經系統損害、流涎等自主神經功能失調。細菌性腦膜炎嚴重后遺癥包括：意識障礙、雙側聽力喪失、運動障礙、癲癇、視力障礙、腦積水；較輕后遺癥，包括行為問題、學習困難、單側聽力喪失、肌張力減低、復視。