神經組織修復療法治療腦炎后遺癥是采用外周血骨髓血，通過專用的神經因子分離液、提取、純化后的到臨床治療所需要的神經因子；經過靜點，注射或接入等方法將神經因子輸入患者體內，利用神經因子具有自我復制和分化的功能來修復體內受損的神經因子，達到機體功能重建的目的。也可藥物治療。

中醫的治療就是理療、針灸、推拿按摩等，或是通過長期的口服中成藥物，進行清熱解毒。腦炎后遺癥注重護理，病程中應該加強對患者身體的護理，要供給一定的水分、營養及電解質。

可以到正規的醫院掛康復科就診，進行系統的后期的康復訓練，這個是一個緩慢的過程，還請老人和家屬不要太急躁，慢慢的來。另外，最為重要的是：遵從當初出院時的醫囑，繼續進行積極的藥物治療，按時按量的服藥治療，切忌擅自停藥，換藥，增量，減量等。一定要嚴格遵守醫生的醫囑進行治療。

病毒性腦炎是由于病毒感染腦組織后，出現的炎性病變，常有高熱，頭痛嘔吐，腦膜刺激征癥狀，病理征常陽性改變。對于病毒腦炎情況，需要及時的消炎，抗病毒治療，積極營養腦組織，保護好腦功能，積極監測好生命體征等。

抗生素本身對病毒感染無效。但由于細菌性腦膜炎的病死率及致殘率很高，盡快的清除csF中的細菌和炎癥細胞極為重要，故對于早期不能和細菌性腦膜炎相鑒別的病例，經驗性地使用抗生素恰當而且必要。

中醫治療方法：主要是針灸、按摩。神經系統生理缺失，是不能從內分泌調節上面倆恢復功能。手術治療方法：手術治療在小兒腦炎后遺癥患兒的臨床治療有重要地位。