雙側基底節區腔隙性腦梗塞查找危險的因素，比如有沒有高血壓、糖尿病以及高脂血癥，如果有這些基礎病，應該積極的進行治療，把血壓、血糖以及血脂控制好。去除危險性的個人不良嗜好，忌煙酒。
只要不出血，用活血化瘀的藥物，雙側基底節區腔隙性腦梗塞多見于脫髓鞘腦病，早發病都不嚴重，發病早期癥狀很輕且不明顯，偶有頭暈，頭痛，視力異常或腦部不適以及輕度的局域性麻木，易復發和遲發神經再度損害，嚴重時可侵犯整個中樞導致神經功能損害發生癡呆癥、痙攣性癱瘓而危機生命。
對于基底節區腔隙性腦梗塞的治療，主要是完善相關檢查。對于顱內血管的病變是否有動脈狹窄或者是動脈硬化，明確血管的性質，明確生化的檢查，譬如血脂、血尿酸、血同型半胱氨酸等相關的危險因素。
沒有臨床癥狀，一般是無需治療的，如果出現臨床癥狀，一般是比較輕，比如頭暈，頭痛等，可以對癥治療一下，平時要注意休息，避免勞累，不要吃辛辣刺激性的食物，低鹽低脂肪飲食，多吃水果蔬菜。
通常是由腦CT或MRI檢查發，如果出現這一情況，不要緊張，但也要重視，首先要進行危險因素的控制，調整血壓，血糖，血脂至達標范圍，再次就是改變生活不良習慣，戒煙戒酒，清淡飲食，適當鍛煉。