腦炎主要是微生物感染造成的。
腦炎發病一般由外界病菌侵染中樞神經系統引起。其中最為重要的一種就是由各種致病微生物引發的腦炎。外界病菌中仍以細菌和病毒最為普遍，真菌是其主要致病菌，它們會隨著血液流動，通過血腦屏障，向腦膜侵犯，腦實質和其他部分，并導致相應組織細胞壞死和水腫等癥狀。患者需要及時前往醫院就診，以免導致病情加重。

腦炎是由于各種病原微生物感染，引起腦實質的炎型損傷包括腦組織壞死，常見的病原體有病毒、霉菌、細菌。主要通過呼吸道、消化道、蚊蟲叮咬、接觸傳染的。病因不同，治療的辦法也是有所不同的，要根據病因選擇治療方案。去醫院明確病因之后，對癥治療。一定要注意做好衛生護理措施，避免感冒感染的發生。

小孩腦炎引起的原因，有細菌、有化膿性的、結核性的、病毒性的或者是支原體，或者是寄生蟲等感染所引起的腦部炎癥。當各種感染在腦實質內形成炎癥，可以是彌漫的，也可以是局限的。

病毒性腦炎主要是病毒的感染病變導致而成的。身體缺乏特異性的治療導致的病毒性腦炎，但由于病程自限性，急性期正確的支持與對癥治療，是保證病情順利恢復、降低病死率和致殘率的關鍵，西醫治療本病療效較好。

小兒時期是各種腦膜炎多發的年齡階段。常見的腦膜炎有化膿性、病毒性、結核性、真菌性腦膜炎，其共同特點均表現為發熱、頭痛、嘔吐、煩躁驚厥及昏迷等。可見有很多原因引起，病毒多見，細菌、支原體等也較常見。腦炎都是重癥。

引起自身免疫性腦炎病因尚不明確，是由于免疫系統發生識別錯誤，產生了針對神經系統組織的抗體，從而攻擊自身神經系統所產生的一系列癥狀，可能是因為一些不明原因的刺激，或者一些病毒感染，造成自身免疫功能出現異常。