當腎臟的囊腫在4cm以上、8cm以內時，這種大小的囊腫采用穿刺注射硬化劑進行治療。如果囊腫較大，囊腫的直徑大于8cm，并且對周圍臟器壓迫比較明顯，考慮行腹腔鏡腎囊腫去頂減壓手術來解除囊腫對周圍組織的壓迫。
需要根據囊腫的大小而定，如果囊腫較大就需要進行手術切除，藥物治療是沒有什么效果，而且在術后定期復查囊腫，是有復發可能。囊腫是屬于基因突變導致的，大部分是良性的，囊腫過大是會引起腎功能的損傷，需要特別的注意。
左腎囊腫，通常來說是良性的，如果在5公分以下不需要特別治療，可以定期檢查一下，并且還要需要注意，5-10公分要注意進行穿刺治療，10公分以上可以做一個手術來進行治療的，多注意休息，不要劇烈運動。
如果囊腫比較小可以不做特殊處理，但是需要防止囊腫引起感染，定期復查彩超了解囊腫大小變化。如果囊腫增大，直徑大于4cm，對腎盂，輸尿管造成壓迫，或者伴有持續腰部脹痛影響正常生活，就需要做出相應處理。主要的方法有彩超引導下囊腫穿刺抽液，開放手術囊腫去頂減壓，后腹腔鏡下囊腫去頂減壓等。
左腎囊腫一般為結構異常，無癥狀的不需要治療，需要防止囊腫引起感染，如果囊腫增大，直徑大于4cm，對腎盂，輸尿管造成壓迫，或者伴有持續腰部脹痛影響正常生活，引起尿路梗阻，可以使用囊液抽吸術。