腎囊腫一般沒有什么臨床癥狀，常常是在做彩超時發現腎臟有囊腫，但是如果腎臟囊腫比較大，或者本身繼發感染或者本身破裂出血，就會有比較明顯的癥狀。比如：會有腰疼，腰痛一般都是脹痛，一般都是因為囊腫擠壓腎臟導致，再有會有血尿，如果腎盂旁的囊腫壓迫了腎盂，就會出現鏡下的血尿。
大部分病人的左腎囊腫往往沒有特殊的癥狀。當腎囊腫增大以后病人可能會出現腰部不適甚至疼痛的情況，但是左腎囊腫引起的疼痛為隱隱的作痛或者鈍痛，大部分情況下不會發生明顯的劇烈疼痛。
腎囊腫是常見的一種腎臟結構異常，一般都是后天形成的，多來源于腎小管憩室，隨著年齡的增長，腎小管憩室越來越多，就會發生腎囊腫，多以中老年人多見。大部分的腎囊腫不會超過2cm，沒有任何的臨床癥狀，多是體檢發現的，也不需要治療，每年定期復查就可以了。少數患者的囊腫會長大達到5-10cm，就會引起來腎臟壓迫癥狀、腰痛、血尿等，需要行微創治療。
腎囊腫的大多數患者無癥狀，少數患者可因囊腫出血或腎癌出現患側腹痛、血尿或腎周血腫，嚴重的腹膜后出血很少見。可以表現為副癌綜合征，如發熱、紅細胞增多和高鈣血癥，應高度警惕腎細胞癌。
得了這種疾病的病人會感覺自己的腰部、腹部有疼痛的感覺，這是因為腎囊腫影響了腎功能，使腎臟出現積水，使貼近腎鄰近的其他器官受到牽連，積水下墜拉扯引起病人腰部有疼痛的感覺，這時候如果囊腫出血或者感染很有可能進而引發腎絞痛。