尿有刺痛感、流膿需檢查尿道口膿液，以確定引起尿道炎致病菌，以便選藥處理。
若因大腸桿菌、淋球菌及其他感染所致，病人可口服頭孢克肟分散片、頭孢拉定膠囊等頭孢類抗生素治療。若由于支原體、衣原體感染所致，病人可口服如阿奇霉素、米諾環素大環內酯類抗生素治療。
但是以上藥物都需要在醫生的指導下使用，以免損害身體。
前列腺炎會出現尿液刺痛的情況，要注意有沒有泌尿系統感染。尿常規中有大量的白細胞，可以選擇喹諾酮類抗生素，比如左氧氟沙星片等。如果患者的癥狀已經完全消失，需要進行尿常規檢查，如果尿常規中的白細胞全部轉成陰性，則說明治療已經完成。
尿液刺痛是由于盆底神經受到了刺激，如果尿常規中沒有白細胞的話。一般情況下，可以考慮前列腺炎有沒有菌，需要配合抗生素進行治療，而對于無菌性前列腺炎，可以選擇阿爾法阻滯劑和中成藥進行治療。
下面膿尿刺痛多指女性陰道內或男性私處內有膿液，排尿刺痛，與泌尿系統感染有一定關系。在治療時可選用抗菌藥物進行治療。
對多數感染，如頭孢氨芐片、頭孢克肟片等能起到較好的效果，或硝基咪唑類中甲硝唑片，替硝唑片等，和喹諾酮類左氧氟沙星片、諾氟沙星片與其他抗生素合用，能夠起到較好的抗菌作用。
通常來說，腎結石小便刺痛可以吃以下藥，具體分析如下：
患者可以服用排石顆粒或中藥利濕通淋，也可以用八正散加減，多喝水，多運動，不能喝豆漿、豆汁、牛奶等，也不能吃含檸檬酸的食物，或者含草酸的食物。如果結石太大，可以通過超聲碎石，或者輸尿管鏡取出，同時尿液刺痛伴尿頻、尿急，尿常規檢查是否存在泌尿道感染。
需要到醫院泌尿外科就診，做小便常規檢查和泌尿系統B超檢查。找到病因后遵醫囑用藥。小便刺痛，考慮是尿路感染，但是也不能排除泌尿系統結石。確診為尿路感染，要注意多喝水，多排尿，促進炎性物質及細菌微生物的排出，切勿憋尿，以免導致細菌逆行感染。