如果腎囊腫很小，就不需要治療。通常小于5厘米的腎囊腫可以通過定期復查予以關注。小囊腫不會引起身體不適，只有一些大于5厘米的大囊腫會壓迫身體其他器官，從而導致排尿異常或疼痛。
胎兒腎囊腫無需進行治療。
因為胎兒腎囊腫的發病原因，與遺傳因素或者先天發育異常有關。絕大多數的囊腫都屬于良性病變，生長速度非常緩慢。單發的腎囊腫，對于胎兒的身體健康以及出生后的身體健康，都沒有明顯的不良影響，通常是不需要進行特殊治療的。如果囊腫體積增大，可以進行手術治療或穿刺抽液治療。但如果對胎兒的身體較大時，應選擇終止妊娠。
腎囊腫較小的一般無需治療，單純性腎囊腫對周圍組織和腎功能影響不大，無需特別關注，若囊腫直徑超過10厘米，則要進行手術切除，通過腹腔鏡的方法，可對腎囊腫進行去頂，通過釋放囊液，達到治療效果。飲食上要補充高纖維，高維生素的食物，如玉米，小麥等，多吃新鮮的水果蔬菜，戒煙戒酒，不要吃辣椒，海鮮，油炸性食品。
左側腎囊腫如何治療，根據其大小、位置決定處理方法。如果是腎實質的小囊腫，直徑小于5厘米，對腎臟無影響，定期復查，動態觀察即可。腎囊腫直徑大于5厘米，可壓迫腎臟，位置靠近腎皮質，并部分突出腎臟的，可以行腎囊腫去頂減壓術。
如果腎囊腫直徑較大，超過5cm，或者是產生周圍組織壓迫的情況時，可以引起尿路梗阻的，需要行囊液抽吸術并行囊內注射硬化劑，這樣可以避免囊腫的再次擴大。如果腎囊腫的直徑>10cm，囊腫表現的比較巨大，對于腎臟組織壓迫也影響比較大，需要手術治療。