臨床上比較小的腎囊腫會自行的消失，但是由于有些囊腫比較大，所以一般是不會消失的，這時候可以當地醫院去進行治療，可以通過手術治療，也可以選擇保守治療，但是要注意觀察。
右腎囊腫不會自動消失，如果腎囊腫很小，不用特殊處理，每3個月復查一次即可，如果很大，需要給予穿刺、打硬化劑等治療，因可能受到壓迫腎組織，或有腰痛以及腎盂積水等癥狀，然后引起腎功能下降，也需要給予處理。
如果是右側腎臟囊腫，需要到醫院的泌尿外科進行診斷和處理。
通常情況下，胚胎腎囊腫并不是必須要進行手術，而且目前還沒有任何有效的治療手段。大部分的腎結石，都是良性的，而且增長的很慢。所以，不會對孩子的身體造成太大的傷害。胎兒右側腎臟囊腫需要經常到醫院做檢查，如果囊腫沒有擴大，那么就不需要進行手術。囊腫有擴大需要手術。
女性出現右腎囊腫是對身體造成以下危害。首先右腎囊腫如果大，就會對腎臟造成壓迫，或者是對周圍的器官造成壓迫，就會產生腰部脹痛的臨床癥狀，其次，右腎囊腫有可能會出現破裂現象，有可能會導致腎臟以及腎周圍產生炎癥感染的臨床癥狀。另外右腎囊腫有可能會伴發出血的情況，所以當發現腎囊腫，建議需要及時到醫院進行檢查治療。
右腎囊腫可以使用手術來治療的，是可以治好的。腎囊腫是成年人腎臟最常見的一種結構異常，單純腎囊腫一般沒有癥狀，可以不用治療。只有當囊腫壓迫引起血管閉塞或尿路梗阻時可出現相應表現。