腎囊腫是可以通過手術治療就可以消除的，但是多數的腎囊腫是可以通過很好的護理也可以消除的，一般是不需要經過治療的。如果腎囊腫的體積還比較小的下，病人是不用治療的，只需要定期的進行復查之后，并且病人可以注意自己的生活作息和飲食方面。
腎囊腫治療可以在B超定位下腎囊腫穿刺，只局限于腎下極、背側的囊腫。因為創傷小，身體條件較差，高齡病人可以選擇，但復發率高。另外一種是腹腔鏡下腎囊腫去頂減壓術，適合于腎臟任何部位囊腫，術后復發率低，效果好，但費用較高。
腎囊腫的患者在飲食上，其實并沒有什么特殊的食物可以幫助減少囊腫的生長，早期的單純的腎囊腫患者是在飲食上沒有特殊要求的；但是如果患者腎囊腫引起了腎功能衰竭，飲食上就要低鹽低脂優質低蛋白飲食了，比如每天的鹽分攝入量控制在3-6克，以素為主，瓜果蔬菜可以吃，但是不可以大油大葷，另外含鉀高的食物也需要控制的。
腎囊腫要通過藥物治療才能消除，對于小的腎臟囊腫，無癥狀時不需要做任何治療，但要定期復查，觀察囊腫是否繼續增大。無癥狀者應時常進行尿液檢查，包括尿常規、尿培養，每六個月至1年進行一次腎功能。
腎囊腫沒有明顯的特效藥。發現腎囊腫要看囊腫的大小，對于小囊腫沒有癥狀時不需要做任何治療，定期復查看，特別是小于4厘米以上的，觀察囊腫是否繼續增大，無癥狀者要經常做尿液的檢查和泌尿系統超聲檢查。對于大于5公分腎囊腫，采取手術治療。