中醫活性物質治療腎囊腫的關鍵是，阻斷因受囊腫壓迫而啟動的腎臟纖維化的惡化鏈，阻斷因壓迫而導致腎臟缺氧，腎臟損傷的惡性循環，以確保殘存腎臟不再受壓迫，保護腎功能。
中醫治療腎囊腫的方法主要以微化中藥滲透療法，使囊內液體不斷減少，直至不分泌。還可以采用囊腫去頂減壓手術治療，手術減輕了囊腫對腎實質的壓迫，延緩疾病的發展。生活中注意不吃過咸，過辣，刺激的食物。
腎囊腫的中醫治療方法有采用藥物的方法治療腎囊腫，還經常運用針刺的方法。采用具有清熱解毒，活血效果的藥物，每次3～4穴，依據證之虛實而采用補瀉手法，留針20～30分鐘，或用灸法，2組穴位交替進行。
中藥治療沒有效果。腎囊腫主要是由于先天發育形成的良性腫瘤，對身體不會造成不良影響，如果直徑不超過五公分，也沒有腰酸腰痛等不適癥狀的話，一般不需要特殊治療，注意休息，避免勞累，定期復查，如果生長速度快，直徑超過五公分或出現腰酸腰痛等壓迫癥狀的話，可以考慮手術切除。
腎囊腫可以由很多原因引起，先天遺傳因素是腎囊腫最常見的原因之一，基因突變也是引起腎囊腫的發病原因之一，各種中毒對腎臟的損傷，例如常見的毒物有農藥、化學制劑、放射線、污染等都會引起腎囊腫。具體原因可以到醫院進行檢查。