腎囊腫的病因不完全清楚。目前認為它一方面和年齡有很大關系。隨著年齡的增加，腎的遠端小管和集合管的憩室也增加，憩室逐漸增大，里面有囊液填充，就形成了囊腫。另一方面，腎小管的阻塞和腎實質缺血可能也參與了本病的發生。

腎囊腫一般多見于先天形成。沒有明顯的異常原因，有可能是與結石及遺傳和感染等因素有些關系。如果是有疼痛的情況還是要考慮手術治療處理才好，藥物治療效果是不太好的，因此主要治療手段是手術切除囊腫，中小手術，不會有危險性很高的。

腎囊腫有可能基因突變也是引起的發病，也有可能是先天遺傳因素是腎囊腫最常見的，各種中毒對腎臟的損傷，例如常見的毒物有農藥、化學制劑、放射線、污染等，有些感染的原因產生了有利于腎囊腫基因變化的因素，也可以引起腎囊腫。

囊腫一般都是先天性的，胎里帶來的，從生出來就有的，但是后來囊腫可能逐漸增大，增大以后壓迫到鄰近的器官或者自己的器官負擔過重。我們可以進入注射治療，可以穿刺進去以后在囊腫里注射藥物，讓囊腫徹底萎縮壞死，就能達到一定的治療目的或者干脆手術切除也可以。

腎囊腫可以由很多原因引起，先天遺傳因素是腎囊腫最常見的原因之一，基因突變也是引起腎囊腫的發病原因之一，各種中毒對腎臟的損傷，例如常見的毒物有農藥、化學制劑、放射線、污染等都會引起腎囊腫。具體原因可以到醫院進行檢查。

腎囊腫是有很多發病原因，如果家人親屬有得腎囊腫疾病的，可能會出現基因突變，還有就是，感冒也會導致腎病患者腎臟損傷，腎囊腫是一種比較常見的良性病變，也有可能是身體的抵抗力比較低而造成疾病出現。要提高自身免疫力。