可以采用超聲進行監測，如果是囊腫直徑大于四個厘米，可以在超聲引導下進行囊腫穿刺并引流囊液，同時可以使用95%的乙醇或者四環素作為硬化劑注入囊腔內。但是如果腎囊腫直徑大于八個厘米，可能需要手術治療，有條件者可以行腹腔鏡下腎囊腫去頂術進行治療，這種手術創傷小，療效確實，術后患者恢復快，已經成為治療有手術指針的單純性腎囊腫的精標準方法。
胎兒腎囊腫無需進行治療。
因為胎兒腎囊腫的發病原因，與遺傳因素或者先天發育異常有關。絕大多數的囊腫都屬于良性病變，生長速度非常緩慢。單發的腎囊腫，對于胎兒的身體健康以及出生后的身體健康，都沒有明顯的不良影響，通常是不需要進行特殊治療的。如果囊腫體積增大，可以進行手術治療或穿刺抽液治療。但如果對胎兒的身體較大時，應選擇終止妊娠。
一般的腎囊腫是良性的，大約直徑為2-5cm，沒有表現癥狀，也不需要治療，只要平時注意即可。而當腎囊腫的直徑超過5cm時，就應及時進行治療，治療的方法主要采用囊液抽吸術并囊內注射硬化劑。若腎囊腫的直徑大于10cm時，則只能進行手術切除治療。
可以通過服用利水滲濕祛濕的藥物來治療，如果腎囊腫比較小是可以起到一定的效果的。中醫認為本病多是由于腎精不足、痰瘀阻滯、脈絡不暢所致。平時飲食宜清淡，注意防寒保暖，避免過度勞累。
腎囊腫較小的一般無需治療，單純性腎囊腫對周圍組織和腎功能影響不大，無需特別關注，若囊腫直徑超過10厘米，則要進行手術切除，通過腹腔鏡的方法，可對腎囊腫進行去頂，通過釋放囊液，達到治療效果。飲食上要補充高纖維，高維生素的食物，如玉米，小麥等，多吃新鮮的水果蔬菜，戒煙戒酒，不要吃辣椒，海鮮，油炸性食品。