囊腫形成以后是不能自愈的，通常囊腫會越來越大。較大的腎囊腫通常會引起臨床癥狀，表現為腰部酸脹疼痛，主要是由于囊腫壓迫腎包膜引起的，另外腎囊腫很容易壓迫腎臟造成腎實質萎縮，影響腎功能。
腎囊腫是一種常見的病，形成因素是多方面的。同時腎囊腫是不可以自愈。對于單純性腎囊腫主要是由于腎臟的集合管堵塞，造成尿液分泌受阻，從而逐漸的形成囊性的擴張，引起腎臟囊腫。還有一種多發性的腎臟囊腫，多囊腎于先天性遺傳因素有關，屬于常染色體遺傳病。
有自愈的可能。如果身體條件比較好的話，囊腫會過半年到一年或者幾年時間自動被身體吸收。但如果囊腫出現增大，就需要藥物干預。腎囊腫比較小的時候，是不會有什么太明顯的癥狀表現，對于身體的各項機能也不影響。
腎囊腫及伴囊壁鈣化的情況，不能自愈，囊腫吸收萎縮后出現的囊壁鈣化的情況，也是囊腫萎縮及恢復過程中的一種自愈現象。只要腎囊腫鈣化后無腎功能異常和尿液發生變化，可以不做處理，注意觀察和復查，沒有不適也不做治療處理。
腎囊腫一般不會自愈，但是一般小的囊腫對人的身體健康沒有影響，對腎功能不會有大的影響。如果是較大的腎囊腫，可以選擇微創手術治療，微創手術治療就是在彩超的引導下進行穿刺治療。其實囊腫就是外面有一層包膜，里面是囊液。穿刺治療就是彩超引導下穿刺，把囊液抽吸出來，再注入無水的酒精把囊腫的包膜燒毀、硬化，囊腫不會再復發。