乙肝的病毒攜帶者，如滿足了干擾素的抗病毒治療，應主動應用干擾素進行抗病毒治療，但也有其不足之處，例如肝硬化失代償期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有關的病癥，例如甲狀腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干擾素的抗菌療法有很大的優勢，最大的優勢就是可以停止使用。對于一些乙肝表面抗原呈陰性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通過轉陰來完成乙肝表面抗原的轉陰，從而使乙肝病毒轉陰，這個幾率在30%以上，并且在轉移后可以停止服用，周期比服用的護肝類的藥物要快一些，大約需要一年的時間。

干擾素治療乙肝優勢在于是有限療程的，可能用一年半，一年到一年半的時間可以停藥，而且隨時停藥以后不會出現病毒的反彈，停藥以后半年左右的時間，會有一個后效應，如果適應打干擾素，還是會給干擾素治療，副反應也是比較明顯的，首先干擾素有一個問題就是，有效率不一定那么高，30%左右患者有效，再一個就是副反應，也是比較明顯的，主要是有類流感應癥狀。

使用干擾素抗病毒治療，可以取得比較好的效果。甚至有一小部分可能會出現乙肝表面抗原的消失、乙肝表面抗體的產生，但此類人群比較少。對于慢性乙肝來說，干擾素的使用指征需要嚴格控制，一般需要優選人群，且在治療過程中需要密切監測干擾素的不良反應。

干擾素在治療乙肝方面的作用，主要是通過和靶細胞表面的干擾素受體結合，阻止病毒蛋白質合成，從而抑制乙肝病毒復制，發揮抗病毒的作用。干擾素還具有多重免疫調理作用。因此，干擾素在治療乙肝方面起著非常重要的作用。

乙肝患者打干擾素的副作用最常見的是發熱及流感樣綜合征，患者體重減輕、脫發、情緒激動，骨髓抑制致血細胞、血小板減少，輕度貧血，偶可發生神經系統損傷，影響內分泌系統功能，亦有產生干擾素抗體者。

干擾素分普通干擾素和長效干擾素。普通干擾素大概每支50元-100元，一年大概9000元-20000元。進口干擾素大概1000元-2000元每支，乙肝在使用干擾素抗病毒期間，要處理好各種不良反應，包括必要時減量，對癥處理或中止治療等。