口腔潰瘍的治療以消除病因、增強體質、對癥治療為主，治療方法應堅持全身治療和局部治療相結合，中西醫治療相結合，生理和心理治療相結合。口腔潰瘍常呈周期性發作，復發時間長短與口腔潰瘍病史長短有密切關系。
孕期口腔潰瘍需要通過局部治療、日常護理等方式來治療。
懷孕期間有口腔潰瘍需要進行局部的治療，同時需要在口腔科或者婦科專家的幫助下進行局部的用藥，避免自行服用，導致自身和胎兒都出現異常。可以用生理鹽水，不會造成任何的傷害，可以用來漱口，可以購買0.9%的生理鹽水涂抹在口腔的創面，也可以用95%的乙醇來治療，不過要在醫師的指導下進行。
口腔潰瘍治療原則是消除致病誘因，增進機體健康，減輕局部癥狀，促進潰瘍愈合，但是目前還沒有特效藥物，所以治療時應針對每個病例的致病誘因和對藥物的反應，有側重地采用治療方法和藥物。平常注意休息，避免進食酸辣刺激食物，以減少復發次數。
口腔潰瘍的治療，主要是去除病因、增強體質、對癥治療。首先應該去除口腔內的不良刺激因素，比如殘冠、殘根、不良修復體、不良正畸等，同時戒煙限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，補充機體所需要的營養及維生素。可以采取局部藥物治療的方法：主要目的是消炎、止痛，促進潰瘍愈合。
口腔潰瘍多般是由于上火、炎癥、感染和免疫力低下以及缺乏維生素等原因造成的。對于其初期的治療可以用口含片或者是噴劑進行治療，另外要注意口腔衛生和飲食清淡，此外還可以適當補充b族維生素并多喝水。