復發性口腔潰瘍的主要病因并不明確，但是科學文獻證明，它與以下幾種原因存在相關性：1、與患者的精神因素有關，如果患者的心態不好、工作壓力大、心理負擔重，很有可能會患上這一類的疾病。2、與患者的休息有關，如果患者的工作繁忙、睡眠不足，很有可能導致這類疾病的發生。
是復發性口腔潰瘍。免疫因素，細胞免疫異常，自身免疫異常，體液免疫異常，也有可能是免疫功能低下或者是免疫缺陷。胃腸道疾病、遺傳因素、微量元素銅、鋅缺乏和維生素缺乏，微循環障礙，精神有創傷。
可能是由于體內虛火旺盛，自己的身體長時間處在一個上火的狀態，比如長時間的熬夜，作息不規律，一直愛吃辛辣刺激的食物，久坐不運動等原因都可能使自己體內虛火旺盛，長口腔潰瘍。還有一種可能是身體內缺乏微量元素，比如鐵、鋅、各種維生素等，身體免疫功能降低或者營養不良，增加口腔潰瘍發病的可能性。
可能是局部創傷、精神緊張、食物、藥物、激素水平改變及維生素或微量元素的缺乏所致成。系統性疾病、遺傳、免疫及微生物在口腔潰瘍的發生發展中可能也起著重要的作用，預示機體有潛在的胃腸疾病、血液病、內分泌等系統性疾病。
此病常見的誘發因素有：壓力大、精神高度緊張、經常熬夜、便秘、胃腸消化不良等，另外女性月經前后和更年期體內激素會有變化，故當女性月經不調時候或者更年期也易多發本病。此外該病還與遺傳、身體免疫力低下、內分泌失調、體內缺乏某種微量元素如鋅等有關。
