口腔潰瘍的治療以消除病因、增強體質、對癥治療為主，治療方法應堅持全身治療和局部治療相結合，中西醫治療相結合，生理和心理治療相結合。口腔潰瘍常呈周期性發作，復發時間長短與口腔潰瘍病史長短有密切關系。
口腔潰瘍在一周左右就可以自行痊愈，還可以往潰瘍的地方局部涂抗炎類藥物，多吃白菜，白菜中含有維生素對口腔潰瘍具有療效。木耳具有抗潰瘍作用，所含的營養物質可以促進潰瘍面愈合。
兒童口腔潰瘍治療需要找出誘因，排除可能的致病因素。
需要增強兒童體質，減輕局部癥狀，促進潰瘍愈合，刷牙時要注意避免口腔潰瘍，選擇軟毛牙刷。要多喝水，多吃新鮮蔬菜和水果。飲食方面要注意清淡，注意大便通暢，避免偏食。同時需要注意維生素的補充，可以通過多吃新鮮的水果和蔬菜緩解臨床癥狀。平時還需注意養成規律的生活作息，避免對身體造成影響，降低口腔潰瘍出現的概率。
孕期口腔潰瘍需要通過局部治療、日常護理等方式來治療。
懷孕期間有口腔潰瘍需要進行局部的治療，同時需要在口腔科或者婦科專家的幫助下進行局部的用藥，避免自行服用，導致自身和胎兒都出現異常。可以用生理鹽水，不會造成任何的傷害，可以用來漱口，可以購買0.9%的生理鹽水涂抹在口腔的創面，也可以用95%的乙醇來治療，不過要在醫師的指導下進行。
小兒口腔潰瘍可以通過藥物治療、日常護理等方式進行治療，具體分析如下：
小兒口腔潰瘍主要是由細菌感染和上火所致。細菌感染可以在醫生指導下服用一些具有抗菌消炎作用的藥物，比如替硝唑、頭孢克肟、甲硝唑等消炎藥。上火引起的，可以口服金銀花顆粒、龍膽瀉肝丸、牛黃解毒片等。在治療過程中盡量避免食用辛辣和刺激性的食品，避免食用生冷寒涼的食品，以免引起口腔粘膜不適。日常生活中要保持口腔清潔。
