胰島細胞抗體有90%都是出現在胰島細胞抗體，對病情具有一定的診斷價值，適合從未使用過外源性胰島素的病人，一般可體檢出與胰島素相結合的自身抗體。抗胰島素自身抗體的出現與I型糖尿病有一定的關系。

甲狀腺自身抗體三項包括抗甲狀腺過氧化物酶抗體、抗甲狀腺球蛋白抗體以及促甲狀腺受體抗體。抗甲狀腺過氧化酶抗體和抗甲狀腺球蛋白抗體，主要是診斷自身免疫性甲狀腺炎，也就是橋本式甲狀腺炎的重要指標。

糖尿病自身抗體三項主要是指抗胰島素自身抗體，胰島細胞抗體及谷氨酸脫羧酶抗體。這三種抗體是特異性診斷一型糖尿病的依據，因為一型糖尿病主要是由于胰島b細胞受到了自身免疫的攻擊，其中抗胰島素自身抗體和胰島細胞抗體，是證明體內發生了自身免疫效應。

甲狀腺抗體是免疫系統對甲狀腺自身成分產生的自身抗體，經常測定的包括甲狀腺球蛋白抗體、甲狀腺微粒體抗體和促甲狀腺激素受體抗體。
在甲狀腺激素生產過程中，甲狀腺需要使用甲狀腺球蛋白作為生產線，碘有機化合成甲狀腺激素也需要甲狀腺微粒體。免疫系統如果不認識甲狀腺球蛋白和甲狀腺微粒體，就會自認為是敵人而發生反應，通過自身免疫反應產生自身抗體。

自身抗體屬于抗核抗體的其中一種，如果自身抗體陽性，并且達到一定滴度可以反映系統性紅斑狼瘡的活動度，這個抗體可以在診斷系統性紅斑狼瘡中具有很高的特異性，因此自身抗體陽性對于輔助診斷系統性紅斑狼瘡具有一定的臨床意義，紅斑狼瘡是一種典型的自身免疫性結締組織病，對機體的危害非常大，尤其是可以引起出血性肺泡炎，狼瘡性腦炎，急性腎功能不全，因此需要積極的治療，否則也會危及生命的。

甲狀腺的兩種抗體通常是指甲狀腺過氧化物酶抗體和甲狀腺球蛋白抗體。
甲狀腺兩抗體高提示患者患有橋本甲狀腺炎，即慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，甲狀腺慢性炎癥較常見，尤其容易發生在女性身上。橋本炎容易導致甲狀腺功能下降，需要定期檢查甲狀腺功能。如果甲狀腺功能正常，不需要特殊處理，定期觀察即可。甲狀腺功能減退，需服用甲狀腺激素治療，日常生活中注意低碘飲食。甲狀腺兩抗體高代表橋本甲狀腺炎，需定期檢測甲狀腺功能，甲狀腺功能正常方可處理。如果發現甲狀腺功能下降，應給予甲狀腺激素替代治療。