心臟射頻消融術的后遺癥有，血管穿刺的并發癥，包括局部出血、血腫形成、穿刺部位的感染、氣胸、血栓形成、栓塞等。管操作的并發癥，包括主動脈瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等。放電消融的并發癥，包括房室傳導阻滯、心肌梗死等。進行心臟射頻消融術以后，還是有一定的復發可能。

射頻消融手術之后主要是治療一些心律失常，特別是房顫時性心動過速，預激綜合征等。有可能會導致局部的不舒服，主要與手術有創傷性有一定的關系，需要檢查心電圖和心臟彩超，了解有沒有心臟的病變，這是最主要的。

頸椎消融主要的危害有在手術的過程中器械容易碰到頸髓，會產生神經損傷的癥狀，比如肢體的麻木，甚至于癱瘓都有可能。另外就是頸椎消融，并不是將間盤摘除，所以日后如果勞力或是接觸潮濕寒冷的環境，也有復發的可能性。

射頻消融目前已經是心律失常的一線治療手段，但它是一個手術，會有并發癥。射頻消融手術的主要并發癥是會誤傷到傳導系統的希氏束，可出現房室傳導阻滯，三度房室傳導阻滯時如果希氏束不能恢復，要裝永久起搏器。最嚴重的并發癥是心臟破裂，這種發生率很低。手術的過程中醫生操作手法盡量溫柔，導管移動會相對緩慢，如果采用三維重建，并發癥的出現率會大大降低。

心臟射頻消融術的后遺癥包括傷口內出血、傷口疼痛以及結節內細胞壞死后導致吸收熱，或者繼發細菌感染后形成膿腫。如果有膿腫形成，可能需要穿刺引流，同時也需要抗感染治療。

肝癌射頻消融術后遺癥首先就是肝部位好的細胞也會被一并燒死，其次對肝周邊部位的細胞也會造成損傷，最后就是射頻消融不徹底造成復發。以及穿刺部位疼痛，常見于術后72小時內。