甲流通常會引起頭痛的癥狀，可以通過服用抗病毒藥物治療或物理的方式緩解。
1、藥物治療：因為是甲流病毒感染引起的頭痛，首先可以進行抗病毒治療，可服用奧司他韋或連花清瘟等藥物。其中，連花清瘟是中成藥，具有清瘟解毒、宣肺泄熱的功效，對甲型流感病毒、乙型流感病毒等多種呼吸道病毒都有抑制作用，能夠治療流感引起的頭痛、發熱、肌肉酸痛等不適癥狀。如頭痛比較嚴重的話，也可使用解熱鎮痛藥對癥治療，需要注意有藥物聯用的時候，需要在醫師的指導下用藥。
2、物理治療：甲流患者常會伴有發熱癥狀，發熱也會導致頭痛，所以可通過物理降溫方式緩解頭痛，比如用溫水擦浴、睡冰枕、戴冰帽、敷退熱貼等降低體溫，體溫降低頭痛也會有所緩解。同時也可按摩頭部穴位舒緩頭痛。

甲型流感引起的頭痛，使用抗流感的中成藥治療一般比較好，比如臨床常用的連花清瘟膠囊。
甲流患者出現頭痛的癥狀，是因為流感病毒侵犯機體后出現炎性物質刺激頭部的痛覺末梢神經，或是發熱造成頭部血管擴張所致，多表現為頭部脹痛，有時還會伴有發熱、肌肉酸痛、乏力等癥。
臨床對于該癥的治療，多使用連花清瘟膠囊，該藥是中成藥，具有清瘟解毒、宣肺泄熱的功效，現代藥理角度對甲型流感病毒、乙型流感病毒等多種呼吸道病毒都有抑制作用，還可抑制炎癥反應、調節機體免疫功能，有利于消除病因，同時加強機體抗病能力，促使流感引起的頭痛、發熱、肌肉酸痛等不適癥狀盡快得到改善。

甲型流感病毒引起的頭痛，可以使用抗流感的藥物進行治療，比如連花清瘟膠囊。
甲流引起的頭痛，是由于流感病毒引起外周炎性物質對神經末梢的刺激而引發的疼痛，或是發熱引起頭部血管擴張造成的血管性頭痛。常以脹痛為主，還可能伴有發熱、肌肉酸痛等癥狀，患者可服用連花清瘟膠囊治療。
連花清瘟膠囊是中成藥，具有清瘟解毒、宣肺泄熱的功效，現代藥理研究證實該藥物對甲型流感病毒、乙型流感病毒等多種呼吸道病毒都有抑制作用，能夠有效治療流感引起的頭痛、發熱、肌肉酸痛等不適癥狀。同時研究表明該藥物還具有抑菌抗炎、調節免疫的作用，可抑制甲流引發的機體炎癥反應，加快病情恢復。
此外，甲流患者還可以適當用指腹按摩頭部，并保持室內定時通風換氣，可輔助減輕頭痛癥狀。

部分患者在感染甲流后會出現咽痛的臨床表現，此時可以服用抗流感的藥物進行治療。
中醫認為流感屬于“疫病”范疇，咽痛多由外感溫熱之邪熏灼肺系，郁熱上熏口咽所致，治療多以“清瘟解毒，宣肺泄熱”為主，常用藥物有連花清瘟膠囊。
連花清瘟膠囊以張仲景《傷寒論》麻杏石甘湯合吳鞠通《溫病條辨》銀翹散為基礎方，衛氣同治，表里雙解；汲取吳又可治疫病用大黃的經驗，先證用藥，截斷病勢；配伍紅景天清肺化瘀，調節免疫；廣藿香芳香化濕，顧護脾胃；組方體現了兩千多年中醫治療疫病的用藥經驗，可有效治療甲流患者咽痛、發熱、肌肉酸痛等癥狀。

甲流引起的渾身酸疼可以通過使用抗病毒藥物、口服解熱鎮痛藥物等方式來緩解癥狀。
1、使用抗病毒藥物：西藥可以選擇奧司他韋、金剛乙胺等藥物，中藥可選擇連花清瘟進行治療。連花清瘟針對流感患者肌肉酸痛、發熱或高熱、頭痛、咽干咽痛、鼻塞流涕等癥有效；多項實驗研究證實其對甲型流感病毒（H1N1、H3N2等）、乙型流感病毒等都有很好的抑制拮抗作用。
2、使用解熱鎮痛藥物：如布洛芬、對乙酰氨基酚等藥物。需要注意在聯合使用藥物時應在醫師指導下服用，并密切關注各類不良反應，如有不適及時就診。

由于甲流病毒會導致呼吸道黏膜上皮細胞受損，誘發廣泛的氣道炎癥反應，故甲流患者通常會出現咳嗽、咳痰等癥狀。部分患者的上皮細胞修復功能較弱，咳嗽的持續時間可能也會比較長。此時宜盡早選擇對癥藥物治療，如連花清咳片。該藥可起到抗炎抗病毒作用，能夠有效阻斷病毒引起的氣道炎癥反應，通過抑制病毒復制以減輕氣道黏膜上皮細胞受損情況，有助于促進痰液清除，保護氣道黏膜。患者一般在用藥當日，即可見到咳嗽、咳痰等癥狀明顯緩解，持續用藥一段時間，有利于縮短甲流咳嗽病程，提升呼吸功能。
除服用藥物外，應做好日常飲食調整，比如吃一些具有止咳作用的水果（如梨、枇杷等），都有助于病情的緩解。