肛周囊腫容易形成肛周膿腫，保守治療效果不佳，需要及時到醫院就診，以免延誤治療。肛周膿腫需要切開引流，切開引流之后還需要堅持外科換藥，同時需要靜滴抗生素。治療期間不要吃辛辣食品，清淡飲食即可。
肛周囊腫是可以保守治療的。肛周膿腫的保守治療方法，是在肛周膿腫早期，肛周觸及到硬結還沒有化膿，此時應該積極的抗感染治療，可以口服治療。同時每次排便后要用花椒水熏蒸坐浴，每天兩次。同時要禁食辛辣生冷，刺激油膩的食物。
肛周膿腫的保守治療主要包括以下幾個方面抗生素抗感染治療，在臨床上一般選用對革蘭陰性桿菌有效的抗生素進行抗感染治療，做過肛周膿腫膿液的細菌培養加藥敏試驗，要根據細菌培養加藥敏試驗的結果。
肛瘺的治療原則是將瘺管切開，形成敞開的創面，促使愈合。肛瘺不能自愈，不治療會反復發作，需要手術治療。肛瘺的手術方式很多，手術是減少肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，同時避免肛瘺的復發。
肛周膿腫是由于肛管直腸周圍軟組織或周圍間隙內發生急性化膿性感染所致。建議出現肛管直腸周圍膿腫應及時治療，少數肛周表淺的膿腫可采用抗生素治療、熱水坐浴、局部理療等方法消散，但多數需要手術切開膿腫，充分引流膿液，防止其不斷擴散，以減輕疼痛等癥狀。