肛瘺要及時就醫，還要注意肛門護理，坐姿時要讓肛門懸空透氣，便后要用水清洗干凈，熏蒸坐浴要保證足夠時間，大便后不但要用肛部清潔器沖洗，還需要用肛部消毒巾擦拭消毒，因為便血的傷口會受到大便中細菌的污染，如果不及時消毒，細菌滋生會造成病情惡化。
安氏療法。采用探針檢查和雙氧水灌注的方式，準確檢查內口，這種科學的檢查方式準確率高達99%，為下一步治療提供依據。接著，對病灶部位進行治療。對肛瘺的治療采用微創的小切口，對主要的病灶部位切開，對口引流，對內口和外口分解處理，部分切開部分保留，化復雜為單純。
根據瘺管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。手術治療，原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸愈合。電療儀治療，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。
有助病人度過大便關，盡可能減少病人的痛苦。應鼓舞病人多吃蔬菜水果、多飲水，使他們心情輕松，養成定時大便的習慣。應該多食平淡并含有豐富維生素的食品，如蔬菜有冬瓜、絲瓜、綠豆、蘿卜等。經久不愈的肛瘺多屬虛型，飲食上應食含有豐富蛋白質類等食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇、大棗、芝麻。
緩解肛瘺最快的方法首先去除誘因，如緩解便秘，治療腹瀉，保持肛門部位衛生，然后使用藥物進行外用治療，急性期還可以同時配合抗生素進行消炎治療，如嚴重的經常發作情況下需要及時給予手術治療。