直腸炎的治療主要包括兩方面：修復腸道黏膜和緩解臨床癥狀。在治療上需要使用一些藥物來修復腸道黏膜。如果腹瀉比較嚴重，或者在腹瀉的過程中，還有解血便的情況，可以用控制直腸炎癥的藥物。肛管炎可以局部對癥藥物治療，灌腸后保持直立狀態讓藥物直接作用于肛門，效果會好一些，同時避免辛辣刺激性食物，要調整好大便，大便過干或者大便次數過多，大便不成形都會加重癥狀。
直腸炎反復患者可以口服氧氟沙星、甲硝唑、奧硝唑等藥物治療。
直腸炎患者除了要積極配合醫生治療以外，平時要養成良好的飲食習慣，注意飲食衛生，戒煙戒酒，避免濃茶濃咖啡，不能吃辛辣刺激性食物，注意腹部保暖。治療期間患者要注意多休息，同時堅持清淡飲食，不要吃辛辣刺激性食物，比如火鍋、冰可樂等，有利于身體恢復。
直腸炎要去做一個腸鏡，看一下腸道內壁情況，明確下具體的病因，對癥下藥。單純的腸炎，要控制飲食，避免辛辣刺激冷硬食物，規律進餐，然后消炎治療平時注意腹部保暖，避免受涼。要飲食有規律，一日三餐做到定時定量，不過分饑餓、不暴飲暴食，這樣有利于腸道消化平衡，避免因無節制飲食而致腸道功能紊亂。
直腸炎的治療方法包括：一般治療：適當休息，進清淡、少渣、營養豐富、無刺激性的食物，并做到心情愉快，勞逸結合；藥物治療：藥物包括美沙拉嗪、康復新等，修復腸黏膜，緩解出血癥狀；穴位埋線：可長期刺激穴位，促進血液循環，加快炎癥吸收，加速潰瘍愈合。那么建議還是要去醫院先做一下腸鏡檢查再進行治療。
直腸炎的四大癥狀：便秘與腹瀉交替；便中含有粘液及血絲；大便時肛門口出現灼痛癥狀，由于分泌物刺激，肛門四周表皮脫落，有時成裂口導致發癢；下腹部出現脹滿不適癥狀、食欲不振、體重減輕、全身出現不適。由于引發直腸炎的病因較復雜，治療原則引發直腸炎的病因及疾病采取相應的治療措施。