肛門疼痛的處理，需要先確診誘發肛門疼痛的病因。如果肛門疼痛是肛周膿腫引起的，那么早期的肛周膿腫可以通過靜脈使用藥物。肛周膿腫成熟了，則需要手術切除治療，緩解肛門疼痛癥狀。如果肛門疼痛是由炎性外痔、血栓性外痔引起的，那么需要采用手術切除外痔治療。
肛門疼痛是患有痔瘡的可能，平時養成定時排便的好習慣，保持大便通暢，不要經常久坐久站處于固定一個位置，多吃蔬菜水果和纖維素高的食物，這樣可以有效防止痔瘡的發展。這種病主要是由于經常性大便干燥，再加上久站久坐不動導致的肛墊下移和肛周靜脈叢形成了痔瘡。
要先觀察大便情況，不能排除是便秘引起了痔瘡，如果沒有痔瘡肛裂，那么肛門疼痛可能與腹部疼痛牽扯到肛門有關系的，產后一直有腹部疼痛可能是子宮恢復不好，有婦科炎癥導致的。
生產后出現肛門疼痛是痔瘡引起的，很多女性在生孩子的時候會容易出現大便干燥，傷口疼而不敢用力，時間長了就會引起大便干燥，平時要注意不能久坐，不能吃辛辣刺激性的食物，多喝開水，注意個人衛生，保持外陰的清潔干燥。
視情況可以采取手術或者是激光注射等微創治療方法，一般要注重預防，平時要多注意做適當的提肛運動，保持肛門清潔衛生，兩次定時的排便習慣，飲食上也多補充粗纖維食物，多吃點胃腸蠕動，盡量少吃刺激性食物。