肛瘺一旦確診要手術，吃藥和打針都沒有治療意義。手術之后傷口完全長好，需要一個半月左右的時間。術后需要每天換藥，換到傷口完全長好，要多休息避免運動，飲食清淡。

如果出現肛瘺癥狀，說明痔瘡或肛裂沒有及時治療。肛瘺只能通過手術治療，沒有其他方法，而且這段時間需要定期排便。平時多吃新鮮蔬菜，水果出現無食，養成良好習慣，避免便秘。

得了肛瘺首先需要注意肛門部的清潔衛生，不可抓搔。應經常用溫水泡洗肛門，每晚要洗一次，可以用溫鹽水外洗。還有內褲要勤換、勤洗、暴曬，也可用肛門袋保護肛門，以免過多污染內褲，肛門袋亦要經常換洗，不要讓膿液、分泌物積留在傷口部位。

可以服用抗生素抗感染治療，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用溫水清洗肛門，保持肛周的局部清潔，但是如果肛瘺反復發作，瘺口比較多，形成了復雜性肛瘺，使用保守的治療方法效果不好，要選擇手術治療，主要是手術切開引流。

肛瘺的治療目標是盡可能減少括約肌損傷，消除肛瘺內口和任何相通的上皮化瘺管。手術治療原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸愈合。根據瘺管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。少數可行肛瘺切除后一期縫合或游離植皮。

前期可以用藥物治療，但是只能緩解病情的疼痛，治標不治本。長久靠藥物維持會使得體內的藥物毒素堆積越來越多，導致肛瘺的反復發作，病情越來越嚴重。還有可能導致其他肛腸疾病的發生，病人要保持大便通暢，防止腹瀉和便秘，以減少糞便對肛瘺內口的刺激每天用溫鹽水坐浴1到2次，勤換內褲，適當使用藥膏等局部涂抹，或中藥內服外用。