用于治療灰指甲的抗真菌口服藥包括伊曲康唑、特比萘芬等。
伊曲康唑膠囊是一種常用的抗真菌藥物，主要用于皮膚淺表的真菌感染，對于灰指甲的治療有一定的殺滅致病菌的效果；鹽酸特比萘芬片主要適用于皮膚癬菌，對于灰指甲也具有一定的治療效果。但口服藥物通常會經肝臟代謝，具有一定的肝毒性。因此，一般建議患者采用外用藥物來治療，例如亮甲牌復方聚維酮碘搽劑，其中含有的聚維酮碘對微生物、細菌、病毒、真菌等具有很強殺傷力，還能抑制致病菌的繁殖，對于灰指甲有很好的療效。
龜頭抗真菌藥膏有硝酸咪康唑乳膏、酮康唑乳膏等等。
對于念珠菌性龜頭炎，可以使用龜頭抗真菌藥膏，硝酸咪康唑乳膏、酮康唑乳膏等，能有效地抑制念珠菌。念珠菌性龜頭炎主要是由于不潔性生活而導致的，龜頭會有紅疹瘙癢、灼燒感，同時還會有粘稠的白色分泌物。在治療的時候要注意局部的衛生，可以用高錳酸鉀溶液泡洗龜頭，在同房的時候要采取保護措施，可以選擇安全套。
抗真菌藥曲安奈德益康唑可以用于濕疹，過敏性皮炎，蕁麻疹，玫瑰糠疹，銀屑病等，特比萘芬為丙烯胺類廣譜抗真菌藥。能特異性地干擾真菌固醇的合成，選擇性地抑制真菌的角鯊烯環氧化酶的活性，使真菌細胞膜形成過程中的角鯊烯環氧化反應受阻，從而達到殺滅和抑制真菌的作用。
外用抗真菌藥酮康唑和咪康唑是有效果的，外用抗真菌藥酮康唑和咪康唑，有軟膏劑、洗劑或者是乳膏劑等的制劑，酮康唑作用于皮膚粘膜真菌感染和脂溢性皮炎，頭皮屑等。
外用的抗真菌藥，由于吸收量極少，基本不會引起系統性的副作用。外用后有可能出現局部的皮膚反應，如輕微的發紅、燒灼感或鱗屑，有些人可以出現嚴重的過敏反應。對于口服或者靜脈應用的抗真菌藥物，可以出現系統性的副反應，胃腸道的反應最為多見，例如惡心、腹瀉、腹痛、消化不良、腹脹，有些人可以出現肝功能的異常和皮膚的過敏反應。
