一般情況下，肛門長肉球、疼可能是肛周膿腫、血栓性外痔等原因引起的。具體分析如下：
1.肛周膿腫：如果患者肛門受到細菌感染，容易引起炎癥，受到炎癥刺激，可能會形成膿腫，導致肛周膿腫，從而引起肛門長肉球、疼。
2.血栓性外痔：如果患者長期便秘，可能會使糞便不易排空，容易對直腸下段和肛管部位產生比較大壓力，可能會發生曲張，導致血栓性外痔，使肛門長出暗紫色的卵圓形腫物，從而引起肛門長肉球、疼。
一般情況下，肛門周圍出現腫痛性包塊，多考慮以下疾病：
第1點，環狀痔，由于括約肌痙攣，常造成內痔回納受阻，局部靜脈血液淤滯，組織水腫，形成明顯突出的肉球，伴劇烈疼痛，患者常難以忍受，需要進行手術治療。
第2點，臨床中還會碰到肛周出現包塊，可能合并有肛瘺引發的肛周膿腫等，有些病人還會出現很少見的疾病，比如肛周的毛囊炎，肛周的癤腫等。
只有在醫生的合理規范的診療下，才能夠進一步的明確診斷，達到治療的目的。
肛門疼痛通常是指肛門及直腸周圍以疼痛為主的一種癥狀，發現肛門處墜痛多考慮肛竇炎一般為肛門部微痛、墜脹，排便時因糞便壓迫發炎的肛竇而致肛門部灼痛，若括約肌因受刺激而攣縮，疼痛則加劇，并向臀部及股后部放射。還有外痔，多以墜脹、灼痛為主，表現為肛門邊緣局限性腫塊，質硬、光滑、晶亮、觸痛明顯。多由于勞累，大便時努掙或手術刺激等造成。
肛門里面疼痛最多見是由于肛周間隙感染或者括約肌痙攣原因導致的疼痛。肛周間隙感染是由于大便次數增多或者肛腺隱窩感染原因導致的，一般臨床上表現為肛門脹痛，局部表皮體溫增高，血常規提示血象升高，B超可以明確診斷。
有可能是因為痔瘡所導致的，醫學所指痔瘡包括內痔、外痔、混合痔，是肛門直腸底部及肛門粘膜的靜脈叢發生曲張，而形成的一個或多個柔軟的靜脈團。但是也不排除是尖銳濕疣。