因為這種病誰都不知道發病原因，所以各種方法都得試試，因人而異，有人用中醫可以治療，有人得用西醫，但都得灌腸和吃口服藥，很多數人用中醫治療，因為西醫得用激素類的藥。
潰瘍性直腸炎一般較難根治期。潰瘍性直腸炎又稱潰瘍性結腸炎，是一種慢性疾病，并且終身存在。急性發作期是有緩解期的，緩解期一般會有明顯的便血、腹瀉、膿毒癥便等癥狀。潰瘍性直腸炎只能對癥治療，急性發炎可以用栓劑、激素、免疫制劑等藥物治療，緩解期建議患者維持治療。需要及時到消化科就診，通過胃鏡等檢查，明確病具體情況，然后進行針對性的治療。
潰瘍性直腸炎去醫院做個腸鏡或直腸指診，可以配合灌腸治療可靶向性的到達炎癥部位幫助促進潰瘍面的愈合，慢性直腸炎應注意飲食，少吃多餐，限制脂肪和膳食纖維，避免食用含刺激性和纖維高的食物，比如：芹菜、白薯、生蔬菜、以及帶刺激性的辣椒和粗雜糧、干豆類等。
潰瘍性直腸炎是比較難治好的，只能對癥治療緩解癥狀。可以服用針對性強的藥物治療，再結合中醫治療，這樣癥狀會有明顯改善的，平時注意保持飲食規律，戒煙酒，不要吃生冷油膩辛辣的食物。
糜爛型潰瘍性直腸炎需要系統合理的綜合治療。必須合理控制飲食。直腸炎，尤其是潰瘍性直腸炎，有非常嚴格的飲食要求。所有刺激性食物不得食用，牛奶不得飲用，生食不得食用，吸煙和飲酒是不可接受的。因為是直腸炎，可以使用外用藥物。然后配合中藥保留灌腸。