得了肛瘺以后，首選的就是手術，唯一的方法也是手術，其他的方法都只是緩解癥狀，而治療肛瘺的手術又分很多種，好比肛瘺切開術、肛瘺的剔除術、瘺管剔除術，還有什么補片的填充，免疫制劑的填充等，各種方法很多。
肛瘺需要到醫院肛腸科進行系統的檢查，必要時進行手術治療。出現流膿的癥狀要及時治療，避免癥狀加重甚至出現大便失禁的風險。注意飲食和生活習慣，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通暢，不熬夜。
應選手術治療，內口的存在，膿腫雖然破潰或已切開引流，但原發感染源如肛竇炎、或肛腺感染依然存在，腸腔內容物還可從內口繼續進入瘺管；肛門部不能靜養，膿腔不易粘合：排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎癥刺激肛門括約肌，使肛門括約肌經常處于痙攣狀態。
肛瘺的治療方法主要是通過手術方式，手術的原則是將瘺管徹底的切開或者切除，形成敞開的創面促進它的愈合。它最大的優點是不會造成嚴重的肛門失禁，同時具有操作簡單，出血少，換藥痛苦較小的優勢。
治療肛瘺的方式就是手術治療。肛瘺手術有很多種，比如瘺管切開術、肛瘺切除術、掛線療法等。首先盡可能的保持肛門部位的干燥清潔，便后應該要用溫水坐浴。在日常的生活中，要避免便秘或者是腹瀉。