肛瘺檢查目前主要檢查靠醫生的望診（看），直腸內手指觸診，肛鏡下觀察直腸內部情況來確診，但是可以通過以下幾種檢查方式來確診：瘺管的造影、磁共振、B超等，有時需要多種方法來合參。

檢查時在肛周皮膚上可見到單個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，擠壓時有膿液或膿血性分泌物排出。外口的數目及與肛門的位置關系對診斷肛瘺很有幫助：外口數目越多，距離肛緣越遠，肛瘺越復雜。其他檢查應在專業醫生操作下進行，包括肛診、內鏡檢查、B超檢查、磁共振檢查等。

患有肛門膿腫的一般都可以用多普勒超聲檢查是否有肛瘺，它是可見的，到三級以上的正規醫院做肛腸檢查，可以做肛門指檢查和肛門內窺鏡檢查，也可以進行局部彩色多普勒超聲和CT檢查，找出癥狀的原因治療，必要時手術治療。

肛瘺的檢查方法可以做肛門指檢，肛門指檢為最常見、最直接的檢查方法，可觸及條索狀物及硬結。還有就是美蘭造影，將美蘭從外口打進，如果美蘭由肛門流出，可診斷肛瘺。影像學檢查包括B超、磁共振、肛瘺造影。手術探查需在麻醉狀態下進行。

肛瘺是肛腸疾病的一種，這種疾病情況是不一樣的，治療也是要根據情況選擇治療方法的，不管用什么樣的方法，目的就是出去肛瘺的病癥目前，肛瘺的治療方法是手術治療，它可以把整個瘺管打開，以防復發。肛瘺手術分類有瘺管切開術、肛瘺切除術、掛線療法等。

肛指檢查時，硬關節或凹陷處可能會碰到肛門的牙線，或按壓瘺管時會流出膿液。在大多數情況下，內孔是隱藏的或封閉的，這需要先找到瘺管或外孔，然后通過手杖摸索。有六種方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。這些方法對不同的瘺管有不同的適用范圍。有時可以找到一種方法，有時需要將幾種方法配合在一起。