肛瘺的癥狀是會排膿，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升。
輕微肛瘺癥狀，流膿，肛瘺流膿的程度與瘺管的長短、多少是有一定關系的，新生的瘺管流膿較多，分泌物不斷的刺激皮膚，出現瘙癢的癥狀，而且瘺管內的膿液積聚也會出現腫脹疼痛，甚至會引起發燒，而且瘺管外口排出的膿液一般是血性有粘稠性的，比較深的高位肛瘺，還會有糞便和氣體排出。
瘺管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成。瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升，以后封閉的瘺口破潰，又排出膿液，也可從瘺口排出氣體或糞便。
流膿：膿液多少與瘺管大小、長短及數目有關。新形成或炎癥急性發作期的瘺管膿多、味臭、色黃而濃厚，經久不愈的瘺管膿液較少或時有時無。膿液急劇增多，局部膿腫，體溫增高。常因肛瘺炎癥急性發作或有支管形成。結核性肛瘺膿液多而清稀，呈米泔水樣，可有干酪樣壞死物。腫塊：肛緣索條狀硬塊。
肛瘺常常會伴有肛周的干癢和有膿腫出現，也會使腸胃發生不適出現腹脹，腹痛的癥狀，排便也會受到影響，而且反復發作，長時間不愈合，和愈合以后很快又會腫痛破潰，腫痛和破潰這兩種病癥是交替出現。甚至伴有出血的癥狀。肛瘺這種病，是由肛周膿腫發展而來的。