衣原體肺炎的治療需要選用藥物敏感。在選擇抗生素時要特別注意，要保證一個完整的療程，以免出現反復。阿奇霉素、紅霉素等藥物的用量過少，或療程過短，往往無法徹底控制細菌，就會引起長時間的咳嗽，甚至是連續幾個月的咳嗽，所以在治療的時候要注意足夠的劑量，充分的療程。
一般情況下，小兒衣原體肺炎要做衣原體抗體檢查、血常規、痰液咽拭等。
1、衣原體抗體檢查：診斷標準為雙份血清抗體滴度4倍以上升高。
2、血常規：血白細胞總數一般正常，嗜酸性粒細胞增多。
3、痰液咽拭|可以從中分離出肺炎衣原體。還可以用PCR的方法對呼吸道標本進行DNA擴增，尋找衣原體感染的證據，進行明確診斷。
衣原體肺炎可以采用大環內酯類的藥物進行治療，也可以對癥進行處理。衣原體肺炎可能會出現咳嗽、咽部聲音嘶啞、咽喉疼痛、頭痛等癥狀。可以在醫生的指導下，服用止咳化痰的藥物進行治療，也可以服用清咽利喉的藥物進行治療。情況嚴重的采用大環內酯類的藥物進行治療。衣原體肺炎治療期間，需要注意休息，盡量不要吃油膩的食物。
肺炎衣原體陽性會傳染，肺炎衣原體是一種人類致病原，屬于人-人傳播，可能主要是通過呼吸道的飛沫傳播，也可能通過污染物傳染。年老體弱、營養不良、慢阻肺、免疫功能低下者容易被傳染。感染后免疫力很弱，容易反復。治療上首選紅霉素，也可以選用多西環素和克拉霉素，療程均為14-21天。呼吸氟喹諾酮類也可以選用。對于發熱、干咳等可以對癥治療。
衣原體肺炎顧名思義，就是衣原體感染以后出現的肺炎，衣原體是一種很小的微生物，介于細菌和病毒之間的生物。它可以感染肺，也可以感染泌尿生殖道，感染了肺就會出現肺炎，感染泌尿生殖道，就是尿道炎以及生殖系統的炎癥。
