經過及時治療，病毒性腦炎通常不會有后遺癥。
大部分的病毒性腦炎，如果能夠及早發現，及早治療，通常都能收到良好的療效。此外，還需要及時的做腰椎穿刺，尤其是少量的腦積液，用有針對性的抗生素或抗病毒藥物進行治療，一般不會留下任何的后遺癥。但如果治療不及時，或采用了錯誤的治療方法，則可能有后遺癥，如失語、言語障礙、癱瘓、吞咽困難、癲癇等神經系統損害。

病毒性腦炎會有后遺癥的，病毒性腦炎如果未及時治療，會影響腦部腦實質，導致神經元出現壞死，從而殘留有一些偏癱，智力發育障礙等后遺癥。出現偏癱或者肌肉無力等后遺癥，多是損傷腦部神經元所支配的肢體不能正常進行活動。這種后遺癥沒有特效藥物進行治療，只能持續多加進行康復鍛煉，通過鍛煉恢復肢體正常運動功能。

癲癇能否治得好，除了藥物因素外，還跟患病的病因、類型和年齡因素有關。一般癲癇病人只要通過恰當的治療后，發作次數可逐漸減少，發作周期逐步延長，三年以上不復發就可算是病情治好。

是會有的，病毒性腦膜炎是由于病毒感染腦膜組織后，出現的炎性病變，常有高熱，頭痛嘔吐，腦膜刺激征癥狀，病理征常陽性改變。對于病毒性腦膜炎情況，需要及時的抗病毒治療，營養腦組織，保護好腦功能，是否出現后遺癥與感染程度及治療情況有關，腦組織損傷輕，后遺癥不明顯，損傷重則出現多種后遺癥情況。

成人得病毒性腦炎愈后會有后遺癥。腦炎的后遺癥最多見的就是智能低下，病人有病以后綜合智力下降。再就是病人會有癲癇的發作，腦炎后的癲癇可以持續很多年，而且難以控制。另外，腦炎后遺癥還有的會引起肢體的運動障礙、走路不穩等這一類的狀況。所以腦炎如果不及時治療會留下后遺癥。但是，腦炎發現及時，治療特別合理療效非常好，也可以完全沒有后遺癥發生。

病毒性腦炎的后遺癥主要取決于腦炎發生之后腦部受影響的功能部位，產生對應的臨床表現，所以要進行及時的診治，盡可能減少腦炎后遺癥。病毒腦炎往往是病毒引起來的，其中有些是在腹瀉以后發生腦炎。