通常，陰莖短小的治療不需要太多時間。首先，患者需要做的是了解疾病的原因并找到治療方法。在徹底了解病因后，采用適當的治療方法。治療陰莖短小，只要選擇正確的方法，治愈疾病的機會就會增加。

陰莖短小，先去醫院抽血化驗性腺系列。如果正常，最常見病因就是手淫和包皮過長，盡快徹底戒掉手淫，手淫導致發育期發育不良或者停止，陰莖海綿體挫傷，陰莖越來越短小，增加營養，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海參，另外包皮過長、肥胖也是陰莖短小病因，如果有包皮過長割掉包皮，肥胖必須減肥，對發育期陰莖發育有好處。

可以到專業的中醫院找中醫把脈，綜合舌苔和脈象，在藥師和醫師的指導下應用益精填髓，補中益氣的藥物進行調理。生殖器發育異常，中醫所說腎精虧虛，腎氣不固，西醫多考慮陰莖海綿體發育異常和激素水平的下降。

陰莖短小早泄可以通過手術治療。陰莖勃起的長度大于三厘米，就屬于正常的范圍之內。大部分的人都屬于正常的，早泄服用一些中藥，也可以用一些降低龜頭敏感度的藥物，飲食上可以吃一些補腎的食物。

肥胖的人因為陰部脂肪較多，從而覆蓋并阻塞了陰莖，使陰莖顯得很短，實際上陰莖并不真的很短。也不需要陰莖延長手術等治療。主要原因是肥胖。應該加強體育鍛煉來消耗體內多余的脂肪。同時，人們應該節食，多吃蔬菜和水果，不要吃太油膩的食物。只要減肥成功，陰莖就不會變短。

只是在心理方面有一些影響，自己總覺得很小，對性生活有影響，其實沒有影響的。避免思想包袱。只有通過心理調節，或者飲食，每晚睡前每次15分鐘或用溫熱毛巾緊裹陰莖，并用雙手反復搓揉，每晚15分鐘，自我康復療法。