通過腹腔鏡進行抗胃酸返流手術很少會引起并發癥，即使出現并發癥，所需要采取的治療方法也比較簡單，且很少會引起永久性的功能障礙。

華盛頓大學醫學中心的Thomas R。 Eubanks博士及其同事對1993年至1999年間接受腹腔鏡下抗胃酸返流手術的538名患者進行了一項回顧性調查研究，以考察在這些患者中出現的術后并發癥的處理情況及預后。

研究人員將術后出現的偏離標準臨床進程的任何輕微或嚴重狀況定義為并發癥。研究人員說：“輕微并發癥通常不需采取侵入性的治療方法，也不會導致永久性的功能障礙。但嚴重的并發癥，則需要采用侵入性的治療方法，否則有可能導致永久性功能障礙。”