病毒性腸炎一般不需病原治療，可自愈。腸毒素性細菌性腸炎一般也不應用抗菌藥。侵襲性細菌性腸炎，最好根據細菌藥物敏感試驗結果選用抗菌藥。患細菌性痢疾時，因痢疾桿菌對常用抗菌藥廣泛耐藥，一般可選用復方磺胺甲基異唑（復方新諾明）、吡哌酸、慶大霉素、丁胺卡那霉素等。空腸彎曲菌腸炎可用紅霉素、慶大霉素、氯霉素等治療。耶爾森氏小腸結腸炎桿菌腸炎一般應用慶大霉素、卡那霉素、復方磺胺甲基異唑、四環素、氯霉素等。沙門氏菌腸炎輕型病人可不用抗菌藥，重型病人可用氯霉素或復方磺胺甲基異唑。侵襲性大腸桿菌性腸炎用新霉素、粘菌素和慶大霉素等治療，可獲良好效果。阿米巴痢疾、雅爾氏鞭毛蟲和滴蟲引起的腸炎，可用甲硝噠唑（滅滴靈）治療。血吸蟲病可用吡喹酮治療。白色念珠菌腸炎以制霉菌素口服，療效較好。伴有全身性真菌感染者，則需應用二性霉素B治療。