常見的并發癥有：

營養不良及維生素缺乏癥：腹瀉病程較長，如禁食時間過久或長期熱量不足，常可引起營養不良和各種維生素缺乏癥。消化不良與營養不良可互為因果，往往造成惡性循環，導致不良后果。維生素A缺乏可引起干眼癥及角膜軟化癥；維生素D缺乏可引起手足抽搐癥。

感染：常見有中耳炎、口角炎、上呼吸道感染、支氣管炎、肺炎、癤腫、敗血癥、泌尿道感染及靜脈炎等。各種感染可能成為腹瀉的病因，但也有在腹瀉之后，由于全身抵抗力降低而繼發感染。遷延性腹瀉或原有營養不良病兒，容易并發真菌感染，如鵝口瘡、真菌性腸炎，甚至引起全身性真菌病。

中毒性肝炎：重型腹瀉可能出現黃疸，常見于營養不良及重癥敗血癥病兒，預后不良，故中毒性肝炎是腹瀉的嚴重并發癥之一。

其他：如急性腎功能衰竭、彌漫性血管內凝血、感染性休克、中毒性腦病等，如處理不當還可發生急性心力衰竭、高血鉀、中毒性腸麻痹、腸出血、腸套疊等，偶可見腸穿孔和腹膜炎。