除繼發性三叉神經痛外，應注意與以下幾種疾病相鑒別。

1.牙痛 牙痛也是一種非常疼痛的一種疾病，有時特別是發病的初期，常常到口腔就診，被誤診為牙痛，許多病人將牙齒拔掉，甚至患側的牙齒全部拔除，但疼痛仍不能緩解。一般牙痛特點為持續性鈍痛或跳痛，局限在齒齦部，不放射到其他部位，無顏面部皮膚過敏區，不因外來的因素加劇，但患者不敢用牙齒咀嚼，應用X線檢查或CT檢查可明確牙痛。

2.三叉神經炎 可因急性上頜竇炎、流感、額竇炎、下頜骨骨髓炎、糖尿病、梅毒、傷寒、酒精中毒、鉛中毒及食物中毒等疾病引起。多有炎性感染的歷史，病史短，疼痛為持續性的，壓迫感染的分枝的局部時可使疼痛加劇，檢查時有患側三叉神經分區感覺減退或過敏。可伴有運動障礙。

3.中間神經痛 中間神經痛患者表現特點：

(1)疼痛性質：為發作性燒灼痛，持續時間長，數小時，短者也數分鐘。

(2)疼痛部位：主要位于一側外耳道、耳廓及乳突等部位，嚴重者可向同側面部、舌外側、咽部以及枕部放射。

(3)伴隨癥狀：局部常伴有帶狀皰疹，還可有周圍性面癱，味覺和聽覺改變。

4.蝶腭神經痛 本癥病因不明，多數人認為鼻旁竇炎侵及蝶腭神經節引起。

(1)疼痛部位：蝶腭神經節分支分布區域的鼻腔、蝶竇、篩竇、硬腭、齒齦及眼眶等顏面深部位。疼痛范圍較廣泛。

(2)疼痛性質：疼痛為燒灼或鉆樣比較劇烈的疼痛，呈持續性或陣發性的加重或周期性反復性發作，發作時一般持續數分鐘到幾小時。伴有患側鼻黏膜腫脹，出現鼻塞、鼻腔分泌物增加，多呈漿液性或黏液性。可伴有耳鳴、耳聾、流眼淚、畏光及下頜皮膚灼熱感和刺痛。疼痛可由牙部、鼻根、眼眶、眼球發生，爾后擴展至齒齦、額、耳及乳突部，均為一側性。嚴重者向同側頸部、肩部及手部等處放射，眼眶部可有壓痛。

(3)發病年齡：常在40～60歲之間，女性較多。

(4)本病可以用1%普魯卡因做蝶腭神經封閉或用2%～4%丁卡因經鼻腔對蝶腭神經節作表面麻醉，可使疼痛緩解，即可確診。

5.偏頭痛 偏頭痛也稱叢集性頭痛，它是一種以頭部血管舒縮功能障礙為主要特征的臨床綜合征。病因較為復雜，至今尚未完全闡明。但與家族、內分泌、變態反應及精神因素等有關。臨床表現特點：

(1)青春期女性多見，多有家族史。

(2)誘發原因：多在疲勞、月經、情緒激動不安時誘發，每次發作前有先兆，如視物模糊、閃光、暗點、眼脹、幻視及偏盲等。先兆癥狀可持續數分鐘至半小時之久。

(3)疼痛性質為劇烈性頭痛，呈搏動性痛、刺痛及撕裂痛或脹痛。反復發作，每天或數周、數月甚至數年發作一次。伴隨有惡心、嘔吐、大便感、流眼淚、面色蒼白或潮紅。發作過后疲乏嗜睡。

(4)查體時顳淺動脈搏動明顯增強，壓迫時可使疼痛減輕。在先兆發作時應用抗組胺藥可緩解癥狀。

(5)偏頭痛還有普通型、特殊型(眼肌麻痹、腹型、基底動脈型)偏頭痛，均需要進行鑒別。

6.舌咽神經痛 本病分為原發性和繼發性兩大類。它是一種以舌咽神經分布區域內陣發性劇痛。發病年齡多在40歲以上，疼痛性質與三叉神經痛相似。