大部分病人其疼痛是發作性的，可有幾周、幾月甚至幾年的自發緩解，于緩解期間疼痛可完全消失。很少癥狀持續消失，但隨年齡增長其發作緩解期有漸縮短趨勢。三叉神經痛本身并不致命，但可因頻繁發作而使病人喪失勞動能力，甚至因怕發作而不參加各項活動。大部分病人因怕痛而變得無欲狀，但自殺和嗎啡成癮罕見。

預后

雖然微血管減壓可使95%～98%的三叉神經痛得到緩解，但是仍有一些病人術后無效或復發，經再次手術探查。常可見下列原因：①微血管減壓不完全或有遺漏;②襯墊物如吸收性明膠海綿、肌肉等吸收或移位;③襯墊物壓迫或引起瘢痕壓迫;④新的血管壓迫，如動脈(特別是粥樣硬化者)或靜脈再通或側支形成;⑤無明確原因。一般講，術后早期復發或新開展這項手術缺乏經驗者，以第一種原因多見。如在術后1年以上復發，則其他幾種原因均有可能。

對復發三叉神經痛的處理，迄今無統一意見。有主張積極再手術探查，有主張改用藥物或半月節毀損治療等。應根據分析不同的可能原因、復發發生的時間、病人的年齡和全身狀態等綜合考慮。下列情況，應再次手術探查：①術后近期(3個月)發生;②不能排除手術技術因素;③病人全身情況良好，能耐受手術。再次手術探查時，除根據不同原因給予相應處理外，對無明確原因者，可作三叉神經感覺根切斷術。