原發性(特發性)三叉神經痛的病因及發病機制尚不清楚，大多數病例無第Ⅴ對腦神經或中樞神經系統的器質性病變，Gasser神經節有退行性或纖維性改變，但是改變的輕重差別太大，不能認為它們是病因。

原發性三叉神經痛的病因雖不明確，尚無統一認識，而從現代醫學來看其發病機制可能是一種致傷因素，使感覺根半月節和鄰近的運動支發生脫髓鞘改變。有—些研究認為，大多數原發性三叉神經痛的病人有顱底血管對神經的反常壓迫。

經臨床證明，部分所謂原發性三叉神經痛，實際上還是可找到原因的，如在手術中發現供應神經的血管發生硬化、異位血管的壓迫、增厚的蛛網膜和神經通過的孔發生骨膜炎，狹窄的骨孔等，而致神經根的壓迫。

1.原發性三叉神經痛的病因 在三叉神經痛時，外周神經和中樞神經都參與疼痛的產生與傳遞，因此根據現代臨床實踐及動物試驗結果，對原發性三叉神經痛的病因有以下幾種學說。

(1)周圍病原學說：三叉神經末梢到腦干核團的任何部位發生病變都可刺激三叉神經，使中樞神經系統發生生理功能紊亂和器質性改變，從而發生三叉神經分布區范圍內的陣發性劇痛性的學說。

(2)中樞病因學說：三叉神經系統中樞部的腦內核團，三叉神經脊束核丘腦及大腦皮質均可因周圍病變刺激及中樞本身的傷害性刺激，而導致三叉神經痛。

(3)變態反應學說：1967年Hanes根據三叉神經痛突然發作和可逆性，曾提出三叉神經痛可能是一種與變態反應有關的疾病。

(4)病毒感染學說：大腦皮質是周身感覺的最高中樞，早有定論，對三叉神經系統任何部位的病灶所致的疼痛，均是通過大腦皮質反映出來的。如皰疹和單純皰疹的病毒感染，可沿三叉神經系統的通路而侵入三叉神經分布相應的大腦皮質，使三叉神經疼痛發作。

(5)家族遺傳學說：在臨床上曾有人報道，一個家庭兄弟姊妹7人其中6人患有三叉神經痛，其中2人患雙側性疼痛。另有一個家庭中，母親及6個孩子中的3個孩子患有三叉神經痛，其中2人為雙側性疼痛。從而認為三叉神經痛可能與家族遺傳有關。但多數學者認為本病與遺傳因素關系不大與人類種族無關。

(6)綜合病因學說：上述各種學說均不能滿意解釋三叉神經痛的病因。以致Dott(1951年)認為三叉神經痛的起因在腦干內，動作或觸動扳機點可引起短的沖動(Short Circuit)在腦干內迅速疊加，從而引起劇烈疼痛發作。

2.繼發性三叉神經痛的病因 近幾年來通過臨床實踐和研究，特別是神經顯微外科手術的應用和手術方式的不斷改進，對繼發性三叉神經痛的病因、發病率的認識有了更深入了解和認識。發現三叉神經系統的所屬部位或鄰近部位的各種病灶均可引起三叉神經痛。最常見的病因有顱內和顱底骨的腫瘤、血管畸形、蛛網膜粘連增厚、多發性硬化等。